Visual Studio 2013でTypeScriptを使用して、ファイル分割して作成したアプリケーションを1ファイルにまとめるには、プロジェクトをwebアプリケーションとして作成した上で、
プロジェクト
→「”プロジェクト名”のプロパティ」を選択
→「TypeScript ビルド」セクションの「出力」の「JavaScript 出力をファイルに結合する」を選択し、出力したいファイル名(??????.js)を入力
→コンパイルすれば、プロジェクトファイルと同じフォルダに、jsファイルが作成されます。あとはこのファイルをお好きなhtmlファイルから呼び出してやればOK！
簡単な設定なのに、意外とここにたどり着くまで時間がかかった。。

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